В древности сэппуку не было распространено в Японии; чаще встречались другие способы самоубийства — самосожжение и повешение. Первое сэпукку было совершено даймё из рода Минамото в войне между Минамото и Тайра, в 1156 году, при Хэгэн. Минамото но-Тамэтомо, побеждённый в этой короткой, но жестокой войне, разрезал себе живот, чтобы избежать позора плена. Сэппуку быстро прививается среди военного сословия и становится почётным для самурая способом свести счёты с жизнью.

Сэппуку состояло в том, что самоубийца прорезал живот поперёк, от левого бока до правого или, по другому способу, прорезал его дважды: сначала горизонтально от левого бока к правому, а потом вертикально от диафрагмы до пупка. Впоследствии, когда сэппуку распространилось и стало применяться в качестве привилегированной смертной казни, для него был выработан особый сложный ритуал, один из важных моментов которого состоял в том, что помощник (кайсяку) невольного самоубийцы, обычно его лучший друг, одним взмахом меча отрубал ему в нужный момент голову, так что сэппуку по смыслу сводилось к ритуальному обезглавливанию. Обезглавливание производилось тогда, когда тело самоубийцы начинало клониться вперед. Самурай стоически терпел мучения, показывая силу своего духа (хара), и как только тело качнется - взмах меча обрывал его жизнь.

Между обезглавливанием по сэппуку и обыкновенным обезглавливанием установилась юридическая разница, и для привилегированных лиц, начиная с самураев, смертная казнь заменялась в виде снисхождения смертью через сэппуку, то есть смертной же казнью, но только в виде ритуального обезглавливания. Такая смертная казнь полагалась за проступки, не позорящие самурайской этики, поэтому она не считалась позорной, и в этом было её отличие от обыкновенной смертной казни. Такова была её идеология, но в какой мере она осуществлялась на практике, сказать трудно. Фактом остаётся только то, что сэппуку в виде казни применялось только к привилегированному сословию самураев и так далее, но никоим образом не к классам населения, считавшимся ниже самураев.

Это официальное применение сэппуку относится к более позднему времени, а именно к токугавскому периоду сёгуната, но независимо от него этот способ самоубийства в частном его применении получил очень широкое распространение во всей массе населения, почти став манией, и поводами для сэппуку стали служить самые ничтожные причины. После реставрации 1868 года с началом организации государственного строя по европейскому образцу и начавшимся под давлением новых идей изменением всего вообще уклада жизни, официальное применение сэппуку в конце концов было отменено, а вместе с тем и частное его применение стало выводиться, но не вывелось совсем. Случаи сэппуку нередко встречались и в ХХ веке (например, самоубийство японского писателя Юкио Мисимы в 1970 году), и каждый такой случай встречался скрытым одобрением нации, создавая по отношению к некоторым применившим сэппуку лицам более видного положения ореол славы и величия.