Как упоминалось выше, для восточной культуры в целом (и японской в частности) характерным является принятие первичности духа по отношению к материи и телу. Поэтому воспитанию духовных качеств будущих воинов уделялось огромное внимание. Духовные практики японцев уходят корнями в две религии, мирно соседствующие в этой стране до сегодняшнего дня. С одной стороны, анималистические культы древних айнов (коренных жителей японских островов) выросли в синтоизм. С другой стороны, из Индии (через Китай, смешавшись на своем пути с даосизмом) в Японию пришел буддизм. Для японцев характерно следование буддистскому течению «дзен», максимально освобожденному от канонических книжных догм, и максимально использующему различные медитативные практики для совершенствования духа.

Классическая медитация в буддизме называется випассана. Ее практикуют во всех течениях буддизма в той или иной форме. Классическую випассану использовали независимо от тренировочного процесса, как самостоятельный способ развития духовных качеств (осознанность, присутствие здесь и сейчас – это ключевое понятие духовной целостности в буддийской традиции). Випассана выполняется в любое время, когда человек готов уделить внимание своему духовному росту. Продолжительность медитации колеблется от 5 минут у новичков до нескольких часов у практикующих монахов (и многих дней непрерывной медитации у мастеров). Место для випассаны не имеет ключевого значения, необходимо позаботиться лишь о том, чтобы в то время, пока сознание будет сфокусировано вовнутрь, снаружи на медитирующего не наступила лошадь и не наехала повозка.

Классическая випассана выполняется в позе «сейдза» (сидя на коленях), либо в позе «лотос». Спина остается прямой, глаза закрыты или полузакрыты. Смысл медитации состоит в концентрации и удержании внимания на собственном дыхании. Для начала, проще концентрироваться на ощущениях в области носогубного треугольника (дыхание через ноздри создает движение воздуха, и именно на ощущениях от этого движения необходимо концентрироваться). В процессе медитации, сознание постоянно будет соскакивать на различные мысли, может захотеться спать, может что-то очень сильно начать чесаться. Это уловки ума, который начинает играть и борется с концентрацией. Задача медитирующего каждый раз, когда он осознает, что сознание снова перепрыгнуло на мысли о симпатичной девушке из соседнего дома, возвращать внимание в область носогубного треугольника. С опытом, сознание перестанет соскальзывать, и во время випассаны практикующий начнет все больше времени осознавать только дыхание. Типичной ошибкой во время медитации является созерцание различных образов и видений. Сознание может играть трюки, и человек начинает визуализировать различные картины. Целью медитации является простое удержание внимания на ощущениях от дыхания в области носогубного треугольника.

Непосредственно в додзе, во время боевой подготовки, воины использовали разновидность випассаны с элементами визуализации (активного представления, усиливающего эффект медитации). Энергетическое дыхание (муксо) выполнялось перед началом, и после окончания занятий. В позе «сейдза», практикующий так же концентрируется на дыхании. Добавляется активная визуализация, примерно следующего характера: необходимо представлять, что воздух (энергия, энергетический поток) входит через ноздри, затем устремляется в макушку головы, из нее по позвоночнику спускается в копчик. Вдох заканчивается в копчике, энергия сжимается в маленькую точку и взрывается огненным шаром, выходя (выдыхаясь) через рот. После определенного срока практики, энергетическое дыхание сопровождается неподдельными ощущениями того, что при выдохе изо рта вылетает огонь. Муксо позволяет сконцентрироваться и набрать энергию перед началом подготовки, а также расслабиться и восстановить силы после ее окончания.

Следует отметить, что медитативных практик существует очень много. Желательно выполнять их под руководством опытного учителя. Также, следует изучать и пробовать техники, предлагаемые разными учителями, чтобы не принимать как догму никакое учение.